Первая причина - химическая несовместимость.
При смешивании удобрений и пестицидов в одном растворе могут происходить нежелательные химические реакции, например как:
- образование нерастворимых осадков;
- изменение pH раствора;
- окислительно-восстановительные реакции.
Пример: ионы железа или марганца в удобрениях могут окислять действующие вещества инсектицидов, разрушая их молекулы ещё до того, как они попадут на растения.

Вторая причина - риск для растений.
Даже если химическая реакция не разрушает препарат, совместная нагрузка на растение может быть критичной. Растение получает одновременно несколько опасных веществ: соли, микроэлементы, биоциды. Это может нарушить водный баланс клеток и повредить ткани.

Вред может быть выражен в ожогах листьев, замедлении фотосинтеза, отставании в росте, опадании цветков и завязей.
Пример: сочетание пестицидов на основе меди (медный купорос) и азотных удобрений (например, селитры) часто вызывает ожоги на молодых листьях.

Третья причина - влияние на биодоступность.
Минеральные и органоминеральные удобрения могут изменить растворимость или проникновение пестицидов в ткани растений. Некоторые пестициды требуют «чистой поверхности» для действия, а удобрения могут покрывать листья плёнкой, снижая эффективность.
Пример: использование липких гуминовых удобрений с гербицидами может затруднить проникновение активного вещества в лист и снизить эффект по уничтожению сорняков.